El poder ejecutivo del cantón es desempeñado por un ciudadano con título de Alcalde de Babahoyo, el cual es elegido por sufragio directo en una sola vuelta electoral sin fórmulas o binomios en las elecciones municipales.
Los encargados de aquellas direcciones municipales son designados por el propio alcalde.
El poder legislativo del cantón es ejercido por el Concejo Cantonal de Babahoyo el cual es un parlamento unicameral que se constituye al igual que en los demás cantones mediante la disposición del artículo 253 de la Constitución Política Nacional.
[1] El cantón Babahoyo posee nueve concejales, los cuales son elegidos mediante sufragio (Sistema D'Hondt) y duran en sus funciones cuatro años pudiendo ser reelegidos indefinidamente.
El cantón se divide en la cabecera cantonal; Babahoyo y cuatro parroquias rurales: Caracol, Febres Cordero, La Unión y Pimocha, que son representadas por los Gobiernos Parroquiales ante la Alcaldía.