[2][3] Austrolebias queguay fue descrita originalmente en el año 2018 por los ictiólogos uruguayos Wilson Sebastián Serra Alanis y Marcelo Loureiro Barrella.[4] La localidad tipo referida es: “humedales del río Queguay Grande, en las coordenadas: 32°11′08″S 57°26′08″O / -32.18556, -57.43556 (a una altitud de 30 msnm), en la Estancia La Beba, departamento de Paysandú, Uruguay”.Fue capturado por M. Loureiro, A. Duarte, M. Zarucki, J. Bessonart y D. Hernández en septiembre de 2011.[4] Etimológicamente el nombre genérico Austrolebias se construye con las palabras Austro: ‘austral’ y Lebias: un taxón de pequeños peces.[4] Austrolebias queguay puede distinguirse de las restantes especies de ese clado por la siguiente combinación de caracteres: los lados del cuerpo del macho presentan bandas claras bien definidas, las que contrastan con el color general del fondo, que es verde azulado; la porción distal de la aleta anal es gris oscuro; las aletas pélvicas son de color verde azulado oscuro y tienen las bases unidas aproximadamente en un 50 a 80 % en sus márgenes mediales; aletas pectorales con banda submarginal de color azul iridiscente.