Austrolebias pongondo fue descrita originalmente en el año 2017 por los ictiólogos brasileños Wilson José Eduardo Moreira da Costa y Morevy Moreira Cheffe.

En la publicación en la cual fue dado a conocer este taxón, también fue autor Pedro F.

[1]​ Etimológicamente el nombre genérico Austrolebias se construye con las palabras Austro: 'austral' y Lebias: un taxón de pequeños peces.

El epíteto específico pongondo es un topónimo que refiere a la localidad donde este pez es endémico, el distrito de Povo Novo, haciéndolo con el adjetivo gentilicio correspondiente: “pongondó”.

El canal São Gonçalo es una vía fluvial natural que comunica la laguna Merín con la laguna de los Patos, cuya cuenca desemboca en el océano Atlántico; dicho canal representa una barrera al flujo de genes.