Desempeñó múltiples comisiones y destinos a flote, tomando parte activa en acciones de guerra contra fuerzas sublevadas en Cuba.

Cuando cesa en su cargo docente en la Escuela, pasó a petición propia a situación de supernumerario, y estableció en Ferrol, con dos socios, el Colegio de la Marina, una academia preparatoria para el ingreso en la escuela naval.

Durante todo el año 1898 fue comandante militar de la Estación naval de la isla Corregidor, en Manila, soportando la guerra contra los Estados Unidos, y tras los combates, fue hecho prisionero por los norteamericanos, permaneciendo recluido a bordo del crucero Baltimore.

En abril de 1908 se le nombró comandante del cañonero Doña María de Molina, cuyo mando desempeñó durante dos años.

En junio de 1911 participó en una de las revistas navales celebradas en Spithead con motivo de la coronación del rey Jorge V; en julio, desde Santander dio escolta al yate real Giralda, que llevaba a bordo al rey Alfonso XIII hasta Inglaterra donde participó en las regatas de Cowes, regresando en agosto.

A finales de 1912, con motivo de la guerra que enfrentó al Imperio otomano contra Grecia, Bulgaria, Serbia y Montenegro, se temió una revolución, y por ello se reunió en el Bósforo una nutrida escuadra internacional que traspasó los Dardanelos y fondeó en Estambul, en un intento de bloquear el Mar Negro.

Su ascenso al Almirantazgo le llega en Estambul, el 13 de marzo de 1913, a bordo del Reina Regente, fue relevado al mando interinamente por su segundo.

Eduardo Dato e Iradier, a instancias del rey Alfonso XIII, le encarga el ministerio de Marina.

En 1914 sería nombrado, senador vitalicio del Reino, cargo que desempeñará hasta su muerte.

Elaboró un nuevo programa, que las Cortes aprobaron con relativa rapidez, la que sería segunda ley de escuadra, que pasó a la historia como "Ley Miranda", fue sancionada por el rey Alfonso XIII el 17 de febrero de 1915 y supuso el definitivo nacimiento del Arma Submarina Española.

De los 28 submarinos a que aspiraba, se adquirieron o construyeron 16: Las demás unidades fueron: Tal era el deseo de incorporar cuanto antes los submarinos a la Armada Española sin esperar al previsible prolongamiento de los plazos de construcciones, que el almirante Miranda dejó previstas en la ley su adquisición a naciones extranjeras.

Se adquirieron cuatro: el Isaac Peral (A-0), en los Estados Unidos y los tres tipo "A" o Laurenti, en Italia, que recibieron los nombres y numerales Narciso Monturiol (A-1), Cosme García (A-2) y A-3; adquisiciones que se hicieron a naciones entonces todavía no beligerantes.

Igualmente, su primera etapa ministerial fue de las más dilatadas hasta esa época en el ministerio de Marina, y se debió fundamentalmente a la voluntad expresa del rey Alfonso XIII.