Sirvió al papa Pío XII como su confesor durante trece años y se le acreditó un influjo crucial en la redacción de la encíclica Divino Afflante Spiritu.

[2]​ Era la primera vez que la Santa Sede creaba una estructura consagrada únicamente a temas ecuménicos.

Sirvió como superior de la residencia jesuítica en Aquisgrán hasta 1917, tiempo en el cual comenzó a enseñar Sagradas Escrituras en Valkenburg.

En 1930, Bea fue nombrado rector del Pontificio Instituto Bíblico, puesto que ocupó por 19 años.

[5]​ También colaboró entre 1941 y 1948 en el proyecto para preparar una nueva traducción latina de los salmos.

Fue en 1960 cuando Juan XXIII le encargó al cardenal Bea la preparación del borrador sobre las relaciones con los judíos.

[7]​ Los enfrentamientos entre ambos cardenales fueron proverbiales y la constitución dogmática Dei Verbum se volvió, sin dudas, el documento de gestación más dramática en el marco del concilio, ya que dio lugar a un cambio drástico en la orientación del mismo apenas un mes después de comenzado, luego de un debate intenso, una votación apasionante y una intervención personal del papa Juan XXIII, quien ordenó la retirada del texto y la formación de una segunda comisión, en este caso mixta, presidida por Bea y no solo por Ottaviani, para preparar el borrador del documento.

Dada su tendencia innata al diálogo, a la concordia y al pluralismo, Bea estableció los fundamentos de la declaración Nostra Aetate, referida a la relación entre la Iglesia católica y las religiones no cristianas.

[4]​ Bea brindó allí tres conferencias, publicadas más tarde en el libro Ecumenical Dialogue at Harvard.