Además la represión y las torturas en los centros de detención clandestinos fueron más agresivos y violentos contra los prisioneros judíos, quienes nunca tenían chances de sobrevivir.
Según Elena Alfaro, «Si la vida en el campo era pesadilla para cualquier detenido, la situación se agravaba para los judíos, que eran objeto de palizas permanentes y otras agresiones, a tal punto que muchos preferían ocultar su origen, diciendo por ejemplo que eran polacos católicos.»[10][11] Además los militares de la dictadura se dedicaron a extorsionar sistemáticamente a miembros de la comunidad judía argentina.
Su presidente es Marcos Weinstein, padre de Mauricio Weinstein, él único israelí de origen argentino desaparecido durante la dictadura militar en el país.
Las primeras acciones que realizó buscaban instalar el tema en la opinión pública israelí con cartas de lectores, entrevistas a diputados y a personalidades públicas israelíes.
En agosto de 2000 la Asociación se entrevistó con la diputada israelí Naomi Blumenthal, quien consiguió que la Knesset aprobara la creación de una Comisión Israelí por los Desaparecidos Judíos en Argentina.