La arquidiócesis tiene como sufragáneas a las diócesis de: Haimen, Shanghái, Suzhou y Xuzhou.El 10 de abril de 1690 mediante la bula Romanus Pontifex el papa Alejandro VIII erigió la diócesis de Nankín, sin precisar sus delimitaciones territoriales: « ... Propterea dictum oppidum de Nankim a dioecesi Macaonensi dismembrari et in civitatem, dictamque ecclesiam Beatae Virginis in cathedralem erigi... ».Esta decisión de la Santa Sede supuso el fin del patronato portugués sobre la diócesis y, en consecuencia, la sustitución de los misioneros portugueses por los jesuitas franceses.El 4 de septiembre de 1951 China comunista expulsó al nuncio apostólico Antonio Riberi y la Santa Sede continuó reconociendo a la República de China en Taiwán como el legítimo gobierno chino.Todos los misioneros extranjeros fueron expulsados de China comunista en 1952.[12] En el período de 1966 a 1976 la Revolución Cultural se ensañó especialmente contra la religión, destruyéndose numerosas iglesias y cesaron todas las actividades religiosas en la arquidiócesis.En 1980 Joseph Qian Huimin fue nombrado administrador de Nankín y fue ordenado obispo de la diócesis en julio del año siguiente.Tras el acuerdo, el papa Francisco readmitió al obispo "oficial" Giuseppe Ma Yinglin en la comunión eclesial.[17] Debido a la situación particular de la Iglesia católica en China, la Santa Sede no nombra obispos para las diócesis chinas, que son sedes oficialmente vacantes incluso en presencia de obispos reconocidos por Roma.Según la Guide to the Catholic Church in China 2008, la arquidiócesis de Nankín cuenta con más de 100 000 fieles, con 11 parroquias y unos 20 sacerdotes.