La arquidiócesis tiene como sufragáneas a las diócesis de: Fukuoka, Kagoshima, Naha y Ōita.[2] El 15 de junio de 1891, como resultado del breve Non maius Nobis del papa León XIII, el vicariato apostólico fue elevado a diócesis y asumió el nombre de diócesis de Nagasaki.[5] Durante la Segunda Guerra Mundial la bomba atómica que Estados Unidos lanzó sobre Nagasaki el 9 de agosto de 1945 detonó a tan solo 500 m de la catedral, destruyéndola completamente y matando a todos los católicos congregados en la catedral y a muchos otros en otros sitios de la ciudad.En 1959 fue reconstruida en el mismo lugar imitando su forma original.El 4 de mayo de 1959 la diócesis fue elevada al rango de arquidiócesis metropolitana con la bula Qui cotidie del papa Juan XXIII.
