La esposa del duque Enrique I, Eduvigis, fue proclamada santa y patrona de Silesia.

En el resto del mismo siglo y durante todo el siguiente, la diócesis se vio perturbada por la expansión del protestantismo, que no todos los obispos pudieron contrarrestar con eficacia, también debido a la desatención de los emperadores, más preocupados por la amenaza otomana en el sur.

Durante el siglo XVII varios príncipes del Sacro Imperio Romano Germánico, algunos de ellos menores, fueron elegidos y confirmados obispos de Breslavia, pero nunca recibieron la consagración sacerdotal ni, obviamente, la consagración episcopal.

Al obispo Federico de Hesse-Darmstadt (1671-1682), un protestante alemán que se había convertido en Roma, se debe el singular privilegio de que los canónigos lleven la muceta roja.

En 1742 Silesia fue anexada a Prusia, donde el luteranismo era la religión dominante y el catolicismo simplemente tolerado.

En los años siguientes, la diócesis se encontró dividida entre Prusia y el Imperio austríaco.

Se mudó a Berlín y luego abandonó el catolicismo para abrazar el protestantismo.

Comenzando con Robert Herzog, la Santa Sede ejercerá regularmente el derecho de elegir obispos.

Durante los difíciles años de la Kulturkampf, el obispo Heinrich Ernst Karl Förster fue condenado repetidamente a pagar fuertes multas y finalmente fue depuesto por un tribunal estatal; para evitar la prisión se refugió en la parte austriaca de su diócesis en 1875.

[8]​ A la muerte del arzobispo Adolf Bertram (1945), la diócesis sufrió un largo período de vacancia, durante el cual fue gobernada primero por Karol Milik como administrador apostólico, luego por Kazimierz Lagosz, vicario capitular, y desde 1956 por Bolesław Kominek como administrador apostólico.

[12]​ Este territorio desde 1946 había sido confiado a un administrador apostólico con sede en Český Těšín.