El nombre del género se refiere a la meseta de Araripe y combinándolo con el término griego daktylos, es decir "dedo", un elemento común en nombres de pterosaurios empezando por el conocido Pterodactylus.
La especie tipo es Araripedactylus dehmi; el nombre de la especie honra al paleontólogo alemán Richard Dehm, un profesor del Instituto de Múnich que adquirió el único espécimen conocido en 1975.
El holotipo, BSP 1975 I 166, consiste en una única falange, la primera del dedo derecho del ala, insertada en un nódulo de tiza.
Sus paredes óseas son descritas por Wellnhofer como excepcionalmente gruesas para un pterosaurio, de tres a cinco milímetros.
Él no pudo confirmar el excepcional engrosamiento de las paredes óseas, o alguna otra autapomorfia del género.