Su abuela paterna era Margarita Douglas, hija de Margarita Tudor y por lo tanto pretendiente al trono inglés, ocupado en esos momentos por Isabel I, y según los católicos, de forma ilegítima.
Al morir su padre Carlos, y después su madre, la depuesta reina pide a Isabel de Inglaterra y a su hijo Jacobo VI que a Arabella se le reconocieran sus derechos hereditarios sobre el condado de Lennox así como de las joyas que le correspondían, aunque el verdadero interés de María era desposar a la pequeña con su hijo Jacobo.
Después de eso nadie más volvió a interesarse en la pequeña Estuardo.
La situación se vuelve aún más delicada cuando al morir Isabel I subió al trono Jacobo como rey de ambos países, como Jacobo I de Inglaterra.
Por esta imprudencia Arabella fue hecha prisionera en la Torre de Londres, donde murió en 1615, a los 40 años.