Anteriormente estaban clasificados como protistas pero recientemente han sido reconocidos como un linaje de hongos basales y primitivos.
Un comportamiento que se ha observado en otros hongos como (Orbiliomycetes, Rozellomycetes y Zoopagales).
A pesar de su gran diversidad, determinada por estudios moleculares ambientales, y su ineterés filogenético, hasta el momento solo se han descrito cuatro géneros.
[6][7] Una posible filogenia incluido otros grupos de hongos y opistocontos es la siguiente:[3][8][9] Cristidiscoidea Rozellomycetes (P?)
Microsporidia Aphelidiomycota Chytridiomycota Blastocladiomycota Zoopagomycota Mucoromycota Entorrhizomycota Ascomycota Basidiomycota Holozoa (Animalia y formas emparentadas)