[2]​ También incluye a la familia Olpidiaceae que anteriormente se clasificaba dentro de Chytridiomycota debido a sus hábitos y morfología, pero sorpresivamente los análisis moleculares lo encontraron anidado dentro de Amastigomycota como grupo hermano del orden Basidiobolales dentro de Entomophthoromycotina.

De esta manera se excluye a la división Mucoromycota la cual esta más estrechamente emparentada con Dikarya.

Las hifas de Zoopagomycota pueden estar compartimentadas por septos que pueden ser completos o uniperforados; en el último, los septos bifurcados contienen tapones lenticulares opacos a los electrones.

La reproducción sexual, implica la producción de zigosporas por conjugación gametangial, mientras que los estados reproductivos asexuales incluyen esporangios, merosporangios, conidios y clamidosporas.

[2]​ La filogenia es aproximadamente la siguiente:[2]​[5]​[6]​ Entomophthoromycotina (incluyendo a Olpidiaceae) Kickxellomycotina Zoopagomycotina Mortierellomycotina Glomeromycotina Mucoromycotina Entorrhizomycota Ascomycota Basidiomycota