Anteriormente se clasificaban en la división Chytridiomycota[1]​ pero actualmente se clasifican como una división ya que están más estrechamente emparentados con el clado Amastigomycota que con los otros quitridios; esto está respaldado por estudios moleculares, caracteres ultraestructurales y las zoosporas.

Otros que son ecológicamente interesantes incluyen un parásito de tardígrados y el zooplanctón Daphnia"'.

En el quitridio Allomyces, el talo está unido por rizoides y tiene un tronco erecto en el que se forman los órganos reproductivos al final de las ramas.

Durante la fase haploide, el talo forma gametangia masculina y femenina que liberan gametos flagelados.

Los miembros de Blastocladiomycota asexuales en este caso producen zoosporas para colonizar nuevos sustratos.

De vez en cuando, las zoosporas asexuales se emparejarán e intercambiarán citoplasma pero no núcleos.