Ya que los hongos primitivos como los quitridios presentan zoosporas y gametos flagelados, dependen del medio acuático o de otros organismos para su proliferación.

Pero los fósiles más antiguos de micorrizas revelando la relación entre glomales y plantas tiene unos 460 Ma, en el Ordovícico.

[4]​ Los fósiles claramente identificables como zigomicetos abundaron en el Devónico, tal como se observa en el yacimiento Rhynie Chert hace unos 410 Ma.

El grupo Zygomycota representa el grado evolutivo más temprano, pues es basal y complejamente parafilético.

Su filogenia es aproximadamente la siguiente según estudios recientes (2016 y 2021):[7]​[8]​[9]​ Entomophthoromycotina Kickxellomycotina Zoopagomycotina Mortierellomycotina Glomeromycotina Mucoromycotina Entorrhizomycota Ascomycota Basidiomycota Debido a que es un taxón parafilético se ha propuesto dividir a Zygomycota en dos divisiones diferentes Zoopagomycota y Mucoromycota.