Durante catorce años desempeñó el rectorado; fue además senador del Reino por la provincia de Soria y después por la misma Universidad en varias legislaturas y miembro correspondiente de la Academia de Ciencias Morales y Políticas (1884).
Formó parte del Consejo de Instrucción pública y estaba agraciado con varias condecoraciones.
En la Academia Española ocupó la vacante del novelista Pereda.
Hernández Fajarnés era orador cálido, escritor correcto, agudo polemista y católico de acción.
En filosofía contribuyó a combatir, como Orti y Lara, el positivismo y el krausismo, siendo considerado como uno de los más distinguidos representantes del neoescolasticismo en España.