[12]​ Con una campaña atípica y sin publicidad, fundada por el contrario en la doctrina de la cultura ciudadana, derrotó a su principal opositor Enrique Peñalosa.

Como hecho curioso, en un debate realizado en la Universidad Nacional con Enrique Peñalosa, fueron agredidos por estudiantes, uno de los cuales golpeó a Mockus, cuando este, le había mostrado una tarjeta roja a otro estudiante en señal por su mala educación.

Consiguió reducir las muertes violentas prohibiendo el uso de artefactos pirotécnicos por particulares y sobre todo implantando su más popular medida "La hora zanahoria".

Durante su gestión como alcalde no dejó de sorprender con apariciones excéntricas, como su boda en un circo con una trabajadora Social, llevando trajes fabricados en fique y montado en un elefante.

Buscó nuevas maneras para subsistir, dio conferencias remuneradas y trabajó como reportero en un noticiero.

En un principio se presentó como candidato a presidente, pero luego aceptó ser candidato a la vicepresidencia en complemento de Noemí Sanín, representante de la clase política tradicional aunque disidente del Partido Conservador Colombiano.

Durante la campaña presidencial volvió a protagonizar hechos escandalosos como el de arrojar agua a la cara del candidato Horacio Serpa durante un debate para ejemplificar uno de sus métodos pedagógicos.

Mockus decidió abandonar sus actividades laborales, para poder viajar y dialogar alrededor del mundo.

Pese a ello, continuó en campaña presidencial, con el partido de la Alianza Social Indígena.

Para escoger su candidato a la presidencia, se presentaron los tres exalcaldes para realizar una consulta popular, que se efectuaría durante las elecciones legislativas de 2010, fecha en la que también resultaron elegidos algunos senadores y representantes a la cámara del mismo partido, de la línea mockusiana salieron elegidos: John Sudarsky al Senado y Ángela María Robledo en la Cámara por Bogotá.

En esta vuelta Mockus no alcanzó la presidencia, pero obtuvo 3.588.819 votos, es decir el 27,5% de los sufragios.

[30]​ Es el protagonista del Documental La Vida es Sagrada junto a Katherine Miranda, que retrata lo que sucedió en el 2010 durante la OLA VERDE y porque posteriormente se adhiere a la campaña de Santos por la paz.

Según Mockus esto lo realizó porque los asistentes de la sala no ponía atención al discurso de Cepeda: «Me perdonan la repetición, pero no se me ocurrió nada mejor en ese momento.

[2]​ En 2010, durante la campaña presidencial, Mockus le reveló que padecía la enfermedad de Parkinson.