Cuando Antíoco murió en 17 d. C. su muerte creó problemas importantes para el reino,[2]​ ya que Comagene sufría confusión política.

Las razones para esta situación no están claras, pero pueden haber sido consecuencia de los hijos habidos con su hermana, Iotapa, Antíoco y Iotapa, demasiado jóvenes para suceder a su padre.

Ambas facciones enviaron embajadas a Roma, buscando el consejo y asistencia del emperador romano Tiberio para decidir el futuro de Comagene.

Comagene permaneció bajo gobierno romano hasta que el emperador Calígula devolvió el reino a los hijos de Antíoco en el año 38.

Antíoco III y su hijo fueron honrados en el Monumento Philopappos de Atenas, Grecia, dedicado a su bisnieto, el príncipe Cayo Julio Antíoco Epífanes Filopapo, que era un ciudadano prominente y respetado en Atenas.