Anatema transcurre en Arbre, un planeta ficticio pero aun así muy similar a la Tierra.
El único contacto entre extramuros e intramuros sucede durante Apert, un periodo de diez días en los que las puertas del concento se abren y los habitantes de ambos lados tienen total libertad para entrar y salir.
Erasmas aprovecha que todos los demás miembros están ocupados con el Voco para escabullirse de su celda y entrar al observatorio.
Justo antes de entrar en el observatorio, Erasmas alcanza a escuchar el nombre del Fraa expulsado: Orolo, debido a que durante Apert adquirió una videocámara de extramuros y la utilizó para llevar a cabo observaciones astronómicas mientras el observatorio permaneciera cerrado (los miembros del concento tienen terminantemente prohibido utilizar tecnología de extramuros).
La existencia de los alienígenas (apodados Geómetras, debido a que la nave exhibe una prueba del teorema de Pitágoras en su casco) se convierte en un secreto a voces, especialmente cuando iluminan con un láser los niveles milenarios de Saunt Edhar y los otros dos concentos que sobrevivieron intactos al Tercer Saqueo, ocurrido 900 atrás.
Al abrirla, Erasmas y Orolo se encuentra con una aliénigena antropomórfica que ha muerto hace apenas unos minutos a causa de un disparo.
Sin embargo, Orolo acaba teniendo que sacrificar su vida para poder salvar el cadáver de la Geómetra.
El Convox ha deducido que los Geómetras se encuentran divididos en dos facciones, una de ellas hostil hacia Arbre: la Geómetra muerta pertenecía a la facción benévola, y fue asesinada mientras intentaba escapar de la nave.
Numerosas reuniones y debates tienen lugar para decidir cuál es la mejor respuesta al ataque.
Esto solo es posible si los alimentos están compuestos por átomos creados en un universo distinto, donde las leyes físicas también son distintas, lo cual entraña a su vez que los Matarhitas son en realidad Geómetras infiltrados en el Convox.
Erasmas, Sammann, Jad, y otros siete avotos escapan en compañía de Julio Verne.
Sin embargo, se encontraron con que, en vez de viajar en el tiempo, habían accedido a un universo paralelo.
Esto interpretaron el eco como una llamada, comenzando así su travesía por los distintos universos.
Erasmas explica esta disonancia (compartida por todos los otros miembros de la misión) reflexionando sobre los saqueos de los concentos; el Primer Saqueo ocurrió debido al temor del mundo Saecular a los avances de los avotos en física nuclear; el Segundo Saqueo ocurrió debido a un temor similar a los avances en ingeniería genética.