Sin embargo, en 1940, a los 16 años, Maidana se convierte en comunista, luego de ver como, según él, eran explotados unos obreros en una fábrica.
[2] En 1947, tras participar con la Juventud Comunista Paraguaya, y manifestarse en contra la dictadura del General Higinio Morínigo, fue apresado, torturado y trasladado a una cárcel pública de Asunción, que estaba ubicada donde hoy funciona la Universidad Católica.
Ananías Maidana, junto con otros dirigentes y militantes comunistas pasaron nuevamente a la clandestinidad.
Logró salir en 1952, gracias a la solidaridad nacional e internacional y mediante las gestiones de los familiares, los cuales en todo momento desempeñaron un papel vital para salvar la vida y conquistar la libertad de los presos.
En lugar de solicitar un exilio, Ananías pasó nuevamente a la lucha clandestina contra el régimen.
En la Comisaría 3ª Ananías estuvo durante 17 años en un calabozo de 1,7 m × 4,7 m con otros 15 presos políticos, calabozo que fue bautizado “el panteón de los vivos”, pues allí no tenían luz ni ventilación.
Cuando los Obispos católicos reclamaban la libertad de estos presos enterrados en vida, Stroessner les contestaba cínicamente: “No se preocupen porque ellos están condenados a morir en prisión”.
Apenas derrotado Stroessner en 1989, Ananías Maidana retornó al país para sumar su esfuerzo a la lucha por una verdadera democracia con justicia social, en camino hacia una sociedad sin explotados ni explotadores, hacia la construcción del socialismo en el Paraguay.
Desde ese año, asumió el cargo de secretario-general del Partido Comunista Paraguayo, que ejercería hasta 2007.