Sería también el sitio destinado a guardar las serpientes que los curacas o caciques ofrecían al Inca en señal de homenaje, o bien como morada de una serpiente muy grande y feroz que un monarca inca habría traído de su conquista del Antisuyo, es decir, la región selvática al este del Cusco.
Restos importantes del Amarucancha se conservan en la calle Loreto; colindan con el Templo y Convento de Santa Catalina (antiguo Acllahuasi), al oriente[3].
Según el Inca Garcilaso de la Vega esta inmensa edificación perteneció a Huayna Cápac; tras la muerte de este Inca fue ocupada por su hijo Huáscar, y cuando la capital incaica fue tomada por los españoles, estos procedieron a repartirse los edificios.
Correspondió a Hernando Pizarro la parte principal del Amarucancha, la misma que posteriormente fue entregada a los padres jesuitas, quienes elevaron allí la Iglesia de la Compañía de Jesús.
Otra parte fue destinada para la cárcel pública, y otras secciones o casas fueron distribuidas entre Mancio Sierra de Leguizamo, Antonio Altamirano, Alonso Mazuela, entre otros conquistadores, cuyos nombres no recordaba el inca cronista[5].