[3]​ El término Garajonay es de procedencia aborigen, existiendo una leyenda popular que explica su origen como la unión de los antropónimos Gara y Jonay.

Sin embargo, los investigadores modernos como el filólogo Maximiano Trapero proponen que fue al revés, y que la leyenda trataría de dar significado al topónimo desde el nombre de sus personajes.

[4]​ En cuanto a su posible significado, el historiador y filólogo Igancio Reyes propone su traducción como 'tiene la superioridad o está en la máxima altura' basándose en comparaciones con las lenguas bereberes.

[5]​ Otros autores como Dominik Wölfel indican sin embargo que «al no disponer de paralelos adecuados, no podemos saber cuál era el significado del radical de esta palabra».

[6]​ En la documentación histórica aparece también con las variantes Garagona, Garagonache, Garagonay, Garagonohe, Garajona y Jarajona.