Nació en una familia íntimamente ligada a la Corona, pues fue hijo único de Juan de Idiáquez y Olazábal, presidente del Consejo de Órdenes con Felipe III, y nieto de Alonso de Idiáquez y Yurramendi, que fuera secretario de Carlos I.
Su madre, Mencía Manrique de Butrón y Múgica, que murió el año de su nacimiento, le transmitió los derechos a las casas de Butrón y Múgica y al señorío de Aramayona, que heredaría en 1603 a la muerte de su primo don Antonio.
Su carrera cortesana fue pronto recompensada con el condado de Biandrina, que recibió en 1599 y que incluía un estado en el ducado de Milán, y con la elevación a condado de su señorío de Aramayona.
Posteriormente, sus méritos militares le valieron el ducado de Ciudad Real, con estado en el reino de Nápoles.
El duque contrajo matrimonio en 1589 con Juana de Robles y San Quintín, hija de Gaspar de Robles y de Juana de San Quintín, II baronesa de Velli.