Se afilió al Partido Socialista Obrero Español en la clandestinidad en 1972 y fue elegido secretario general de la Federación Socialista Madrileña en su I Congreso en 1977.
En 1982 ingresó en el Partido de Acción Socialista (PASOC), siendo posteriormente elegido secretario general, cargo que desempeñó hasta 2001.
Elegido eurodiputado en 1987, 1989, 1994 y 1999, fue vicepresidente del Parlamento Europeo y presidente del grupo parlamentario de Grupo Confederal de la Izquierda Unitaria Europea/Izquierda Verde Nórdica (GUE-NGL).
En ese mismo Congreso, y a propuesta del propio Puerta, los delegados votaron mayoritariamente por la salida del PASOC de Izquierda Unida.
Pocos meses después abandonó el partido, si bien mantuvo su escaño en el Parlamento Europeo hasta la consumación de la legislatura, en que se retiró de la política.