Ya había ocupado el mismo cargo entre marzo y noviembre de 2007.

Atambáyev accedió a la presidencia tras la revolución kirguisa que derrocó al gobierno autocrático de Kurmanbek Bakíev.

En 1988 se casó con su segunda esposa, Raisa, una doctora de origen tártaro, con la que tendría otros dos hijos más, Kadyrbek Atambaev y Aliya Shagieva.

Pese a su papel como destacado opositor, Bakíev le nombró primer ministro en 2007, intentando formar así una coalición con algunos miembros de la oposición.

[6]​ El parlamento confirmó su nombramiento por cuarenta y ocho votos contra tres.

[7]​ En octubre Bakíev disolvió el gobierno, que debía permanecer en funciones hasta la celebración de elecciones parlamentarias en diciembre.

La presidencia fue ocupada por Roza Otunbayeva y en octubre se celebraron las primeras elecciones parlamentarias limpias.

Gracias a esa coalición Atambáyev fue elegido primer ministro con el apoyo de 92 diputados.

Se hizo posible votar solo después de identificar su huella digital.

[21]​ Alexander Soros revisó positivamente los esfuerzos de digitalización del gobierno kirguís en el proyecto Taza Koom.

[25]​ Las reformas constitucionales limitaban el período presidencial (seis años, sin posibilidad de reelección[26]​) y recortaban diversos poderes que serían otorgados al parlamento, convirtiendo a Kirguistán en una república parlamentaria.

[39]​ La revolución kirguisa de 2010 había sido fuertemente boicoteada por Dmitri Medvédev, quien había dicho que un sistema parlamentario propiciaría una victoria electoral islamista, lo cual a la larga provocaría una "afganización" del país.

El presidente kirguís, Almazbek Atambayev, afirmó que la base militar rusa también será retirada del país.

El acuerdo permitía que el país americano ejerciera un sistema comercial sin pagar impuestos, aduanas o cualquier otro tipo de carga y otorgaba un estatus diplomático al personal militar estadounidense.

El acuerdo era útil especialmente para alistar tropas estadounidenses destinadas a la cercana Afganistán durante la guerra permanente presente en ese país desde 2001.

[52]​ Atambáyev también fue criticado por impedir deliberadamente que los medios de comunicación informaran a la población sobre las actividades del Estado Islámico.

[54]​ Atambayev desalentó públicamente a las mujeres kirugisas a llevar la ropa tradicional islámica, como el Hijab o el Burka, declarando: "Las mujeres en minifalda no se convierten en terroristas suicidas".

[54]​ Durante una conferencia de prensa, Atambayev defendió su postura, argumentando que estaba defendiendo las costumbres nacionales del pueblo kirguís de una posible "arabización" del país debido al fuerte conservadurismo social impuesto por la fe islámica.

Su principal contrincante sería Omurbek Babanov, del partido Respublika–Ata Zhurt (fusión del Partido Respublika de Kirguistán y la organización Ata-Zhurt, cuyo candidato Kamchybek Tashiyev había sido derrotado por Atambáyev en 2011).

Además, la oposición acusó al mandatario saliente de interferir demasiado en la campaña electoral a favor del candidato oficialista.

[64]​ Las elecciones tuvieron lugar el 15 de octubre, siendo los primeros comicios presidenciales competitivos en la región.

Después de las elecciones al Jogorku Kenesh no hubo ni una sola manifestación.

Por supuesto, hay hechos cuando algunos ciudadanos venden sus votos, pero en general la situación en las elecciones ya no es la misma que antes.

[72]​ El video del intento de asesinato se volvió viral en las redes sociales.

[75]​ También renunció a todos los fondos ganados en juicios por difamación contra medios sin escrúpulos.

[76]​ Almazbek Atambayev también se opuso a las demandas de los diputados para cerrar las ONG o regular estrictamente sus actividades en el país.

La oposición vio esto como un intento del Presidente por prolongar su mandato, ya que la constitución le prohíbe ejercer un segundo período, lo que generó sospechas sobre su probable acceso al cargo de primer ministro.

[78]​ Atambayev argumentó que el poder del primer ministro se puede controlar a través del parlamento, mientras que el presidente no está sujeto a control por ninguna institución popular.

[84]​[85]​ El 17 de marzo, expresó su arrepentimiento diciendo: "Me disculpo con todos por haber llevado a esta persona al poder".

[90]​ Más tarde fue liberado con el apoyo del primer ministro español Pedro Sánchez y trasladado a España para operaciones médicas.