En la actualidad se denomina habitualmente a la Duodenopancreatectomía como Procedimiento de Whipple por las novedades que incorporó en el procedimiento.
Durante su vida, Whipple llevó a cabo 37 duodenopancreatectomías.
Supervisó a Virginia Apgar cuando ésta hizo su residencia, con el objeto de ayudarla en su carrera médica en el campo de la anestesiología porque Allen vio que el progreso de la cirugía dependía de los avances en este campo, y vio en Virginia Apgar la «energía y habilidad» como para hacer una importante contribución a este campo.
Apgar inventó el Test de Apgar, una prueba de evaluación que se le realiza al recién nacido justo después del nacimiento para examinar su salud.
Whipple llegó a ser más tarde presidente del Colegio Americano de Médicos y Cirujanos (American College of Physicians and Surgeons).