Ali Sistani inició su educación religiosa a edad muy temprana en su ciudad natal, para luego trasladarse, en 1949 a la ciudad santa de Qom en la zona central de Irán.

En 1951 fue a Irak para estudiar bajo la tutela de Gran Ayatollah Abul-Qassim Khoei.

Con la muerte del gran ayatolá Mohammad Sadeq al-Sadr, Sistani emerge como el más eminente clérigo chií en Irak.

Debido a esta influencia, ha tenido un papel silencioso pero importante en la política reciente de Irak.

Fue la primera vez en muchos años en el que Sistani dejó su casa en Náyaf.

Sistani presionó a los divididos partidos confesionales chiíes para que aceptaran unirse en una gran Coalición política o coalición electoral que fuera unida, con una sola lista electoral, a los comicios.