Ingresó a la actividad política, entrando al PDG en 1981; fue elegido para el Comité Central del PDG en el tercer Congreso Extraordinario del partido en marzo de 1983.
Fue luego electo para el Buró Político en un congreso ordinario del partido en septiembre de 1986.
[1] En 1989 su padre lo introdujo en el gobierno como ministro de Relaciones Exteriores y Cooperación,[1][7] reemplazando a Martin Bongo.
[7] Era considerado un reformista dentro del gobernante PDG a comienzos de los años 90; creó, con André Mba Obame, un grupo de allegados (Alfred Mabika Mouyama, Germain Ngoyo Moussavou), que buscaba renovar la vida política gabonesa.
[6] En febrero de 1992,[9] organizó una visita del cantante pop norteamericano Michael Jackson a Gabón.
[19] El subsecretario general del partido, Angel Ondo, anunció el 16 de julio que la dirección del mismo había elegido por consenso a Ali Bongo como candidato presidencial, aunque esta decisión todavía debía ser formalmente confirmada en un congreso partidario.
En esta ocasión, Bongo agradeció a los delegados por su elección, diciendo que era "consciente de las legítimas expectativas" del pueblo; prometió combatir la corrupción y "redistribuir los resultados del crecimiento económico".
Ali Bongo ganó las elecciones con un 41,73%, seguido por André Mba Obame, exministro del Interior, con un 25,88% y Pierre Mamboundou con el 25,22%.
La oposición, integrada entre otros por André Mba Obame, Pierre Mamboundou y Paul-Marie Gondjout rechazó los resultados afirmando que las elecciones habían sido fraudulentas.
[25] Posteriormente, varias investigaciones confirmaron que los resultados electorales habían sido manipulados.
También aludió a la filosofía de gobierno de su padre de preservar la estabilidad a través del equilibrio regional, tribal y político en la asignación del poder, al tiempo que enfatizó que "la excelencia, la competencia y el trabajo" eran incluso más importantes que "las consideraciones geográficas y políticas".
Más tarde ese mismo día, anunció la reelección de Paul Biyoghe Mba como primer ministro; Hizo el anuncio personalmente "para subrayar la importancia de este momento".
Según Bongo, Biyoghe Mba tenía la experiencia y la competencia gerencial necesarias "para guiarnos a través de la siguiente etapa", y dijo que el trabajo comenzaría "de inmediato".
Sin embargo, es posible que el golpe no haya ocurrido realmente, como han informado los críticos de la dictadura, y podría haber sido utilizado como una táctica por parte del gobierno para obtener apoyo.
Entre los oficiales vistos durante el anuncio había coroneles del ejército y miembros de la Guardia Republicana.
A pesar de su detención, Bongo publicó un video en las redes sociales en el que parecía angustiado mientras pedía ayuda en inglés, y pidió a sus amigos y simpatizantes, tanto en Gabón como en todo el mundo, que "alcen la voz" y "hagan ruido" en respuesta al golpe.
[35][36] Brice Oligui, su primo y comandante de la Guardia Republicana, fue instalado más tarde como presidente interino por la junta militar.