Bien pudiera ser este el origen del pueblo, al reunirse la población alrededor de una posada en el camino que va de Guadalajara a Cuenca, y que tiene como único paso del río Tajo, un puente que se encuentra a poco más de 6 km.

El texto de su fuero, fechado en 1170 se documenta que un prior de la orden del Hospital llamado Juan (“frater iohanes”), pobló Alhóndiga y concedió a sus habitantes dicho ordenamiento.

Además en él también se encuentra una cláusula especialmente dirigida a atraer más hombres: “quien viniera a establecerse en Alhóndiga no pagaría tributo al señor ni al concejo durante un año".

....... "Hecha la carta en el mes de abril reinando el rey Alfonso en Castilla y en Toledo, en la era del señor MCCVIII" (La era MCCVIII corresponde con el año 1170) Felipe II, con la finalidad de obtener información detallada de todos los pueblos y villas bajo su mandato, ordenó elaborar un cuestionario que debía ser contestado en todos los concejos.

Con este objetivo, en 1575, envía a los corregidores y gobernadores del reino un cuestionario con 59 preguntas, junto con unas instrucciones de obligado cumplimiento.

A este dixeron: que este pueblo es muy antiguo de más de doscientos años, fundado por serles notorio, por las escrituras y privilegios antiguos que tiene, y que no se sabe quién fue el fundador dél ni cuándo se ganó de los Moros.

A este dixeron: que no es abundante de leña ni tiene muchos montes, y la leña adonde se provee es de los olivares y viñas que las mondan porque de las demás leñas ay mui pocas, siendo también muy poca la Caza que hay, y son perdices, Conejos, no habiendo otras Cazas.

A este dixeron: que la Yglesia de esta Villa es perroquial, y su vocación el nombre de Señor San Juan Bautista, y que no ay más perroquias ni dignidades.

Hacia mediados del siglo XIX, el lugar tenía contabilizada una población de 773 habitantes.