Por su vínculo familiar a Oswaldo Guayasamín (Vera Arrata está casado con Saskia, una hija de este), trabaja como miembro del consejo ejecutivo de la Fundación Guayasamín desde 1976, ayudando de esta manera a desarrollar el proyecto La Capilla del Hombre y la pintura en el Ecuador.

Ya desde su época universitaria, Alfredo Vera se interesaba por la política y llegó a ser Vicepresidente de Federación de Estudiantes Universitarios del Ecuador, sede Guayaquil.

La participación en estos grupos políticos durante la dictadura le costó el exilio y su libertad: en 1963 tuvo que salir forzosamente del Ecuador hacia otros países de América Latina, entre ellos Chile y Cuba.

Esto se debió principalmente a su trabajo en la revista política de izquierda Mañana, del escritor y tío paterno suyo, Pedro Jorge Vera.

Durante 2008 sirvió como el primer Secretario Anticorrupción del Ecuador bajo el gobierno de Rafael Correa