Entre 1970 y 1972, estudió el doctorado, titulándose en 1980 con la tesis Cuerpo humano e ideología: Las concepciones de los antiguos nahuas.

En los últimos años, López Austin dirigió sus esfuerzos a comparar las tradiciones religiosas mesoamericana y andina.

En 1962 contrajo nupcias con quien sería la compañera de toda su vida: la chihuahuense Martha Rosario Luján Pedrueza.

[1]​ Con este último produjo una amplia obra conjunta que fue acreedora a varios reconocimientos por la virtuosa conjunción de las perspectivas arqueológica, histórica y etnográfica.

[4]​ Así, la cosmovisión pertenece al mundo cultural y a los procesos históricos que tardan muchos siglos en transcurrir.

[4]​ Este concepto lo han utilizado ampliamente colegas y alumnos, pues explica las largas continuidades ideológicas presentes en la historia mesoamericana.

La narración consiste en relatos en formas de hazaña que finalizan cuando los seres quedan hechos tal cómo son ahora cuando nace el tiempo.