[1] Se educó en la École des chartes, en París.
Los siguientes cinco años fue profesor de la École supérieure des Lettres en Argel.
En 1894 fue lector tayloriano en la Universidad de Oxford.
Desde 1874 Morel-Fatio contribuyó activamente en la revista Romania, y desde 1899 fue uno de los directores del Bulletin hispanique.
Sostuvo una interesante correspondencia con el poeta parnasianista francés José María de Heredia, que ha sido publicada en lo que toca a este último: Lettres inédites de José Maria de Heredia à Alfred Morel-Fatio publiées et annotées par Jean Lemartinel (Villeneuve d'Ascq: Publications de l'Université de Lille III, 1975) Entre sus obras más señaladas cabe destacar España en los ss. XVI y XVII publicada en 1878, y Estudios sobre España, que vio la luz entre los años 1888-1925.