Su ejemplar formación militar le permitió ser elegido para comandar las fuerzas militares en Goa, a finales del siglo XIX, cuando era, al mismo tiempo, el virrey de la India portuguesa.

Después de la proclamación de la Primera República Portuguesa en 1910, Alfonso fue al exilio en el extranjero, primero en Gibraltar con su sobrino, el rey depuesto, Manuel II, y después a Italia con su madre, la reina María Pía.

En Portugal no era reconocido el matrimonio morganático, por lo que cualquier hijo legítimo de Alfonso y Nevada podría convertirse en el heredero legítimo al trono portugués.

Porque en este último caso, el aspirante al trono portugués sería un descendiente de Miguel I, el rey absolutista que, en 1834, perdió las portuguesas Guerras Liberales en favor la rama dinástica de monarcas constitucionales.

No podían casarse religiosamente en Italia, donde el rey Víctor Manuel III de Italia, al igual que el Papa, había decidido no reconocer la validez de un matrimonio aprobado anteriormente, en Roma.

[1]​ El príncipe había intentado obtener del rey exiliado la aprobación para su matrimonio, pero se encontró con la oposición vehemente de su sobrino y del resto de la familia real.

En su testamento, Don Alfonso dejó todo su patrimonio a Nevada Stoody Hayes.

En lo que se refiere a títulos, Alfonso era, en primer lugar, infante de Portugal.

Se convirtió en príncipe real de Portugal en circunstancias desafortunadas: su hermano, Carlos I, y su sobrino Luis Felipe, fueron asesinados en 1908, con lo que su otro sobrino, Manuel II, se convirtió en rey y Alfonso fue reconocido como el heredero al trono, tomando el título de príncipe real.