El emperador bizantino Juan VI Cantacuceno, después de contactar con los partidarios del hijo de Basilio que vivían en su capital, accedió a ayudar al joven príncipe y le proporcionó un barco para regresar a Trebisonda.

[8]​ En la capital póntica, un fuerte sector de la aristocracia que pertenecía a la facción de los «Escolario» y encabezada por el megaduque Nicetas Escolario, había estado preparando el terreno durante mucho tiempo para deponer a Miguel.

Este último, que ahora tenía el poder en sus manos, ocupó la ciudadela de la capital y capturó a Nicetas.

Debido a este hecho, se produjo un levantamiento popular que resultó en la ruina de sus planes y la liberación del megaduque.

[19]​ Sin embargo, la rebelión no terminó porque Constantino Doranita tenía bajo su control el importante castillo de Limnia.

El emperador envió una fuerza expedicionaria en su contra, acaudillada por su madre, que sitió el castillo durante tres meses aunque resultó en un fracaso.

[11]​ La mayor amenaza interna para Alejo ocurrió con la rebelión de sus antiguos aliados, los Escolario, en 1354.

[21]​ En marzo de 1355, Alejo condujo una campaña militar en su contra con aliados turcomanos, y ocupó la ciudad, que estaba defendida por Jorge.

Los rebeldes primero se refugiaron en la ciudadela que estaba fuertemente fortificada y disponía de suministros abundantes.

[24]​ Durante ese tiempo, hubo un intento por parte del depuesto Miguel de tomar el poder, pero fracasó y regresó a Constantinopla, donde falleció.

[30]​ Las operaciones realizadas por el megaduque Juan Cabasita en Cheriana en agosto de 1355 iban dirigidas contra el bey, pero en noviembre del mismo año el emperador sufriría una dura derrota, probablemente por parte de sus aliados turcomanos, y Cabasita sería hecho prisionero.

En 1358, Alejo se reconciliaría con 'Umar y le ofrecería a su hermana Teodora como esposa, mientras que en diciembre de 1361 lo visitaría en sus dominios.

De esta manera pudo recuperar Limnia, que probablemente Tadjeddin había capturado para presionarlo, aunque volvería a manos turcomanas durante la siguiente década.

[50]​[51]​ Organizó un nuevo ataque contra la capital, pero los treberos pudieron defenderla y rechazar a los invasores en 1379.

Asolaron el valle del río Filabonita y expulsaron a la población griega local que vivía ahí.

Al ver que los genoveses habían aumentado considerablemente su presencia e influencia en los puertos pónticos, estableció sus relaciones con Venecia sobre una nueva base, para restaurar completamente los contactos comerciales, que se habían interrumpido en los años anteriores a su ascenso al trono, pero también en la primera década de su reinado debido a la guerra veneciano-genovesa de 1350-1355 y la peste negra que asoló Europa y la cuenca del Mediterráneo a mediados del siglo XIV.

Además, la república solicitó otra ubicación para la construcción de una nueva estación comercial.

En caso de que las mercancías no fueran pesadas, los mercaderes pagarían como antes, el 3% del valor.

También se les concedió un terreno junto al monasterio de Teodoro Gabras para construir su estación comercial.

[56]​ Aunque los privilegios que recibieron no eran los esperados, el Senado decidió aceptar el acuerdo y ratificarlo.

Además, les concedió otro lugar cerca del cabo de san Estaurós para construir un distrito y les dio derecho a fortificar ese lugar, así como la completa autonomía administrativa con su propio bailo, funcionarios y sacerdotes.

[59]​ Los venecianos estaban muy satisfechos con los términos del nuevo acuerdo comercial y enviaron a Alejo una lujosa campana como regalo y además mantuvieron la costumbre de enviarle regalos en oro al emperador cada vez que sus barcos atracaran en Trebisonda.

[60]​ El eje principal de la política trebera era mantener relaciones comerciales y económicas, que trajeran beneficios para ambas partes.

[62]​ Cuando se negó a ceder ante sus exigencias, el Senado decidió enviar pequeñas fuerzas militares en apoyo de aspirantes al trono trebero, como Miguel Paleólogo, hijo del emperador bizantino Juan V Paleólogo, y Andrónico, hijo del ex emperador Juan III.

[63]​[64]​ La campaña veneciana lo obligó a ceder ante sus pretensiones; tuvo que pagar parte de las reparaciones e incrementó sus privilegios con una nueva bula en 1376.

Durante esa visita, viajó a Batumi, donde fue recibido por el eristavi de Guria, quien le presentó sus respetos y obediencia.

[69]​ En 1377, visitó nuevamente Macragialo donde lo recibió la princesa georgiana Gulkhan, hija del rey David IX de Georgia.