En 1989, al renunciar a su cargo el hasta entonces Ministro Jorge Sanguinetti, lo sustituyó en el cargo en los últimos meses del primer mandato presidencial de Julio María Sanguinetti, hasta febrero de 1990.

Tras la ruptura ocurrida dentro de la Lista 15 entre Jorge Batlle y Sanguinetti, quien se alejó del sector y fundó el Foro Batllista, Atchugarry permaneció en el sector quincista, y se convirtió en uno de los dirigentes más importantes del mismo.

Durante su gestión buscó paliar en cierta medida los efectos de la crisis sobre el sistema financiero y productivo del país.

Sin embargo, Atchugarry no aceptó postularse a la Presidencia de la República.

[1]​ El candidato Pedro Bordaberry le ofreció acompañarlo en la fórmula presidencial, pero Atchugarry declinó.