Esta localidad fue conquistada por los españoles en 1529 y con la cristianización se cambió su nombre por La Asunción de Milpa Alta.

En el siglo XVI, los franciscanos fundaron un establecimiento para cristianizar a los nativos de la región.

A medida que asciende la altitud, el clima de Milpa Alta se torna más frío y húmedo.

Durante el siglo XIX, Milpa Alta formó parte del estado de México.

Fue esencialmente un pueblo pacífico y agrícola vinculado en la red comercial del valle de México.

Cuando se instaló el gobierno carrancista en la capital mexicana, Milpa Alta fue nuevamente un bastión importante para los zapatistas.

Desde ahí hostilizaron a varios pueblos de Tláhuac y Xochimilco, aliados al Ejército Constitucionalista comandado por Carranza.

En el 2000 se eligió por primera vez a un jefe delegacional siendo elegida Guadalupe Chavira de la Rosa.

En 2003 fue la única delegación capitalina donde el Partido Revolucionario Institucional ganó la elección para jefe delegacional con Cuauhtémoc Martínez Laguna.

El número es muy bajo si se considera que la densidad poblacional del Distrito Federal es más de once veces mayor (5896,49 h/km²).

En este pueblo existe un centro donde se enseña a las personas interesadas la lengua de los tenochcas y los momoxcas.

Por último, en el noreste de Milpa Alta se localiza San Antonio Tecómitl, que históricamente ha estado emparentado con los pueblos chinampanecos Tláhuac, Míxquic y Tetelco.

Para su administración y gobierno, las demarcaciones territoriales cuentan con órganos que se denominan delegaciones.

Tres años más tarde, Milpa Alta fue la única demarcación capitalina donde el Partido Revolucionario Institucional ganó una jefatura delegacional con Cuauhtémoc Martínez Laguna, misma que perdió en 2006.

Milpa Alta, como las otras quince delegaciones del Distrito Federal, no posee un cabildo u otro organismo homólogo a los ayuntamientos de los municipios.

Otros cultivos propios de Milpa Alta son la avena forrajera y el maíz, pero su importancia es mucho menor en términos económicos.

Milpa Alta presenta un rezago en urbanización con respecto al resto del Distrito Federal.

Existen otras rutas más cortas que comunican Milpa Alta con Xochimilco al noroeste o con los pueblos de Tláhuac y Tulyehualco al noreste; o bien, otras más que prestan el servicio entre los pueblos de la delegación.

Así mismo, se desarrollan Actividades Extraescolares que permiten la formación integral de los alumnos, participando en eventos a nivel regional y nacional.

En San Pablo Oztotepec se ubica un plantel del Colegio Nacional de Educación Profesional Técnica (CONALEP).

Cada pueblo milpaltense posee por lo menos una plaza pública en torno a la cual se desarrolla la vida comunitaria.

Uno localizado en Villa Milpa Alta está dedicado a la historia y artes populares de la delegación.

El otro es conocido como Cuartel Zapatista, debido a que fungió como centro de operaciones del Ejército Libertador del Sur que comandaba Emiliano Zapata durante la Revolución mexicana; este museo se localiza en San Pablo Oztotepec.

Son trece bronces, entre los que destacan los de Emiliano Zapata y doña Luz Jiménez.

Este grupo de personas se ha dedicado a investigar entre los habitantes del lugar los sucesos históricos significativos para la comunidad Milpaltense.

[26]​ Así mismo, un renglón importante lo ocupa la crónica del movimiento comunal que se gestó en Milpa Alta en la década de los ochenta.

Han aparecido en distintos programas de televisión en Estados Unidos, Centroamérica, Sudamérica y México.

El maíz, en forma de tortilla, acompaña todos los platillos del repertorio gastronómico milpaltense.

La Feria del Nopal, que se verifica en Villa Milpa Alta, tiene lugar en junio de todos los años.

Pero si algo ha dado fama a la cocina milpaneca es la Feria Nacional del Mole, que se realiza en San Pedro Atocpan.