Con el tiempo, estas albercas sufrieron una serie de modificaciones, tendientes a aumentar su nivel.
Al costado oriente del hemiciclo dedicado al Escuadrón 201, se encuentran los restos de algunas de las albercas coloniales, donde incluso se pueden ver restos prehispánicos.
Estas reconstrucciones hicieron que la alberca fuera cada vez más reducida y alta.
Esta alberca fue estudiada en 1974 por los arqueólogos Rubén Cabrera, María Antonieta Cervantes y Felipe Solís, quienes encontraron seis cajas, una dentro de otra.
La más antigua, que estaba muy destruida, tenía unos 15 m de largo y era cuadrada con esquinas redondeadas,by en la cuarta se encuentran restos de ladrillo cocido, fechada en 1870.
También, se cree que otros personajes, como el emperador Maximiliano, las usaban para nadar, lo cual sería desde todo punto poco higiénico, y además están las prohibiciones que varios gobernantes impusieron al uso de esas aguas para el baño.