Del 28 de mayo al 2 de junio de 1964 Shukeiri y 388 demás delegados se reunieron en Jerusalén Este en el primer Consejo Nacional Palestino.

Una resolución del consejo resolvió que, la OLP, y no los estados de la Liga Árabe serían los representantes del pueblo palestino.

Pues durante su tiempo como presidente de la OLP Shukeiri no llegó a tomar control sobre la OLP y su ala militar el ELP, y la mayoría de las decisiones importantes de hecho eran tomadas por el presidente de Egipto, Gamal Abdel Nasser, el Rey de Jordania, Hussein I, o los otros líderes árabes.

Esto provocó que la generación de los fedayín, los líderes guerrilleros como Yasser Arafat y George Habash se hicieran con el control de la OLP.

Durante los 70, cuando Arafat declaró el Programa de los Diez Puntos, Shukeiri se opuso, y llamó a una campaña militar contra Israel hasta que toda Palestina fuera libre.