En el año 2000, renunció al liderazgo del FPLP debido a su frágil salud, falleciendo de un infarto en 2008.

Por otro lado, muchas fuerzas revolucionarias de la izquierda en el Levante árabe tuvieron asociaciones organizativas y vínculos previos con el MNA, que llegó a formar sucursales en Jordania, Líbano, Siria, Iraq, Kuwait, Egipto, Baréin, Libia, Sudán, Yemen del Norte y del Sur.

[12]​ Ahora bien, como toda organización política inmersa en los problemas de su presente histórico, el MNA se transformó a la luz de los acontecimientos y descartó posicionamientos, conceptos y principios cuando advirtieron que eran “vagos, idealistas, equivocados o poco científicos”.

No tengo ningún motivo personal (para participar en la lucha política en la zona) salvo el que tiene todo ciudadano palestino.

En el camino de Lydda a Ramala he visto niños, jóvenes y ancianos muriendo.

Esta fue, que para el MNA la liberación de Palestina era condición sine qua non para alcanzar la unidad árabe.

La célula dirigente, en la que estaban Habash, Hindi y Haddad, trabajó inicialmente en unir más jóvenes.

[17]​ La cohesión interna y la implantación externa del MNA estuvo condicionado por los principios éticos que Habash abrazó tras la Nakba.

[19]​ Los análisis y opiniones emitidos en al-Rai’i fueron desde entonces representativos de su línea política, que tenía como principio rechazar toda participación árabe en negociaciones con las potencias europeas.

En 1957 se formó un nuevo gobierno y tanto Habash como Haddad tuvieron que volver a la clandestinidad.

En este sentido, la caída de la República Árabe Unida en 1961 fue un acontecimiento central, que le obligó a revisar sus posicionamientos teóricos y prácticos al interior del MNA.

Este marco teórico determino la estructura organizativa del MNA, que no escatimaba en buenos recibimientos cuando estudiantes o intelectuales de grandes familias burguesas entraban en el Movimiento.

Constituida esta unidad, se podría ir avanzando en la unificación del resto de países árabes hasta que el nuevo Estado árabe tuviera la capacidad de movilizar todos sus recursos militares, políticos y económicos contra las fuerzas sionistas e imperialistas implantadas en Palestina.

Pasé ese tiempo leyendo a Lenin, Ho Chi Minh, Mao, Marx y Engels.

[23]​ Finalmente, el debate se resolvió a favor de los primeros cuando los delegados palestinos advirtieron que los recursos financieros del MNA eran insuficientes para mantenerse de forma independiente, pero no se permanecería muchos años más en esta línea.

El entrevistador le preguntó qué cambiaría si tuviese la oportunidad de fundar de nuevo el MNA, a lo que Habash responde que daría mucha más importancia a la democracia y la entendería de manera amplia incidiendo en la esfera familiar, educativa, en los clubes y en las asociaciones hasta llegar a las actividades políticas, organizaciones, partidos e instituciones estatales.

Primero debemos considerar la cuestión de la complementariedad y ver la unidad como un proceso acumulativo que debe completarse por etapas, paso a paso, consolidando logros que conduzcan a la unidad en los ámbitos económico, social o cultural.

Mientras tanto, a nivel panárabe, debería haber libertad de movimiento para los inmigrantes, la promoción del tráfico intraárabe, la coordinación entre las universidades árabes y ciertas medidas civiles.

Sólo ellos, pensó Habash, estarían dispuestos a enfrentarse al eje imperialista y sus aliados regionales, pues de la confrontación dependía su supervivencia.

La organización tomó el término “Frente” porque inicialmente era una agrupación de partidos con un programa y proyecto común contra el sionismo que, (Habash 88) además de la rama palestina del MNA, incluía a otras organizaciones palestinas y a un ala independiente en la arena jordano-palestina.

(…) Demuestra que, frente a un enemigo tan poderoso como cruel, la victoria sólo es posible uniendo a todo el pueblo en el seno de un firme y amplio frente único nacional basado en la alianza obrero-campesina.

Habash no rechazó ninguna forma de lucha, pero siempre ligó la estrategia diplomática, popular, intelectual y política a la vía armada.

En su tono analítico habitual y evitando una retórica exaltada, Habash enumeró los peligrosos contenidos en la etapa que atravesaban.

Preferiríamos luchar diez años mas o incluso veinte en lugar de adoptar una lógica tan petainista.

Entre 1975 y 1982, las facciones de la OLP consolidaron su cohesión frente a las amenazas externas, tanto militares como políticas.

Habash rechazó de nuevo estos planes, pues ahora no sólo la dirección única de la OLP reconocía a Israel, sino que, además, se desautorizaba a ella misma como única representante del pueblo palestino.

Escogió este momento precisamente... porque algunos de los líderes palestinos tradicionales han comenzado a avanzar abiertamente hacia soluciones sospechosas...

Esto se llevará a cabo creando una entidad sospechosa que será dominada al mismo tiempo por Israel, la reacción y el imperialismo.

[59]​En el año 2000, Habash asistió a la sexta conferencia del FPLP, donde pronunciaría su último discurso como Secretario General.

Ello supuso un gesto de gran carga simbólica por el que el Movimiento por la Ruta Revolucionaria Palestina (Masar Badil) recuperaba las preocupaciones, la memoria, las enseñanzas y las aspiraciones de Al Hakim, que podrían condensarse en un claro imperativo.