El ballet no le resultó fácil a Vagánova en sus primeros años como estudiante, pero lentamente y gracias a los esfuerzos y fuerza de voluntad logró unirse al ilustre Ballet Imperial tras su graduación.

Curiosamente, el antiguo Maître Petipa se preocupó muy poco por Vagánova como bailarina: todas las menciones a sus actuaciones en sus diarios suelen ir acompañadas de comentarios tales como «horrible» o «espantoso».

Aunque había tenido una carrera respetable como bailarina, sería gracias a su maestría en la enseñanza de danza clásica como se ganaría un destacado lugar en la historia del ballet.

Entre los pupilos de Vagánova estuvieron las famosas bailarinas soviéticas Natalia Dudínskaya, Marina Semiónova, Galina Ulánova, Olga Lepeshínskaya y Maya Plisétskaya.

Sus enseñanzas buscaron combinar el estilo elegante y refinado del Ballet Imperial que Vagánova había aprendido de Enrico Cecchetti con la más vigorosa danza desarrollada en la Unión Soviética.