Durante su dogado se concibió y terminó la imponente Torre dell'Orologio en la Plaza de San Marcos, con un arqueado que comunica la calle conocida como la Mercería con el Puente de Rialto.Sus relaciones con el sultán otomano Beyazid II fueron inicialmente amistosas, pero se volvieron tensas desde 1492, desembocando en guerra abierta en 1499.Los mercaderes venecianos en Estambul fueron arrestados, mientras que tropas bosnias invadían Dalmacia y llegaban a Zara.Por él, Venecia mantuvo en Morea sólo Nauplia, Patras y Monemvasia.Marco Barbarigo era hermano de Agostino, al que había precedido como dux, ocupando el cargo tan sólo un año;[2] su tumba, originalmente en la iglesia de Santa Maria della Carità, ha sido demolida.