El término municipal está atravesado por la Autopista Vasco-Aragonesa (AP-68) y por la carretera N-232, entre los pK 387-389 y 391-398, además de por la carretera provincial LR-261, que conecta con Murillo de Río Leza El relieve del municipio es predominantemente llano, de tipo sedimentario, definido por los valles del río Leza y del Ebro, el primero de los cuales desemboca en el segundo al norte del territorio.

Al noroeste, en una zona muy llana, se extiende el aeropuerto de Logroño-Agoncillo.

A principios del siglo XIX se encontró, al sureste del municipio (término de Barbarés), varios miliarios de la época romana (en la actualidad alguno de ellos se encuentra en la iglesia parroquial) que han sido fechados en el siglo III d. C., pertenecientes a la calzada romana que discurría entre Cesaraugusta (Zaragoza) y Virovesca (Briviesca).

[5]​ La bandera está cortada en dos franjas iguales y pegado al mástil, un jirón de arriba abajo.

Simboliza en heráldica: Nobleza, magnanimidad, riqueza, poder, luz, constancia, sabiduría.

Desde entonces el municipio no para de crecer gracias a su boyante economía, basada tanto en la agricultura como en la industria.

Desglose de población según el Padrón Continuo por Unidad Poblacional del INE.

En las elecciones municipales 2011 se presentaron 4 candidaturas: PP, PSOE, PR y Grupo Independiente de Agoncillo.

En las elecciones de 2015 ganó por mayoría absoluta el PSOE, pasando a tener este 6 concejales y 3 el PP.

En las elecciones de 2019 se presentaron PP, PSOE y Grupo Independiente.

No está clara su adscripción a la tipología romana, ni su pertenencia a la vía romana que unía Cesaraugusta (Zaragoza) con Vareia (Varea, entidad menor de población del municipio de Logroño) de la cual se encontraron miliarios a principios del siglo XIX, que se encuentran en la actualidad en la iglesia parroquial.

Investigaciones recientes[10]​ sitúan la construcción del puente y su inmediata destrucción a mediados del siglo XVIII, bajo el impulso general que, durante la Ilustración, las Sociedades Económicas de Amigos del País imprimieron al comercio y a la mejora de las vías de comunicación en España.

En la actualidad sus dependencias restauradas están ocupadas por el Ayuntamiento de la villa.

La iglesia parroquial de Agoncillo fue construida en tres etapas diferenciadas.

Los restos encontrados en varias campañas arqueológicas desde el año 2000 parecen indicar que sería un lugar donde hubo dos ocupaciones romanas, además de un asentamiento medieval del siglo XII, despoblado a mediados del siglo XV.