[2]​ Las siguientes aerolíneas operan desde el Aeropuerto de Logroño:[3]​ La principal compañía que opera en el aeropuerto es Air Nostrum (Iberia), ofreciendo vuelos diarios a Madrid (6 vuelos de ida y vuelta por semana, en verano ninguno)[cita requerida].

El edificio terminal del aeropuerto tiene 4000 m², y está preparado para atender hasta 350 pasajeros en hora punta[cita requerida].

Inicialmente, su pista solo permitía operar a aparatos regionales de tamaño medio (150 plazas, tipo MD-83)[cita requerida].

En 1946 se abre al tráfico aéreo civil, sin embargo, y hasta fecha reciente, su uso como tal fue bastante moderado, exceptuando las operaciones del Aeroclub de Logroño.

[5]​ Agoncillo se queda con un solo operador: Iberia-Air Nostrum, con sus rutas diarias a Madrid y Barcelona.

En mayo, la compañía leonesa Lagun Air también empezó a operar en el aeropuerto, ofertando una conexión semanal León-Bilbao-Logroño-Palma de Mallorca.

Ese mismo verano, comenzó a operarse un vuelo chárter semanal entre Logroño y Palma de Mallorca durante la temporada estival.

[9]​ Además se mantuvo el vuelo chárter a Palma de Mallorca, operado por Spanair para Soltour, instaurado en 2004.

Ese mismo verano, Swiftair operó un vuelo chárter semanal a Menorca para la mayorista Iberojet.

En febrero se anunció la posible apertura de una ruta a Roma, que comenzaría en junio.

[17]​ En verano se mantiene la ruta de Air Nostrum a Palma de Mallorca (2 frecuencias semanales) y se planificaron los habituales vuelos chárter semanales a Tenerife y Lanzarote, pero finalmente fueron cancelados.

Además se opera por primera vez un vuelo chárter a Berlín durante el puente de diciembre.

Además se opera un vuelo chárter a Praga en Semana Santa y otro durante el puente de diciembre.

[24]​ Air Nostrum mantiene la ruta a Madrid con 6 vuelos semanales, pero queda de nuevo suspendida durante el verano, reanudandose en septiembre.

[26]​[27]​[28]​ En 2016 se vuelve a renovar el convenio con Air Nostrum por un año más, hasta febrero de 2017.

Air Nostrum mantiene la ruta a Madrid con 6 vuelos semanales, pero queda de nuevo suspendida durante el verano, reanudándose en septiembre.

[29]​[30]​ Durante el puente de diciembre se operaron vuelos chárter a Roma y Berlín.