Durante la Primera Guerra Mundial, las condiciones en Italia se deterioraron hasta que finalmente Naef decidió regresar a Zúrich.
[2] Sin embargo, regresó a la Estación Zoológica de Nápoles en 1926 para completar su monografía sobre cefalópodos, que se publicó en dos partes en la serie Fauna und Flora des Gulfes von Naples und der Adjacent Meers-Abschitte serie que formó la base de sus dos breves pero significativas monografías sobre teoría sistemática.
En 1909, Elisabeth empezó a estudiar medicina en la Universidad de Zúrich; ella y Naef se divorciaron en 1910.
En 1917 conoce a su tercera mujer, Maria Bendiner, y a pesar de que no se casarían hasta 1924, este matrimonio duró hasta que Naef murió.
[4] Naef describió su enfoque como Systematische Morphologie, cuyos detalles esbozó ya en 1913:"La filogenética y la sistemática natural tratan con el mismo material fáctico, y aunque cada una tiene diferentes conceptos básicos, ambas disciplinas pueden unirse en un solo concepto porque sus objetos son muy similares.
"[3]Y así nació Systematische Morphologie, quizás los comienzos de la cladística, en su forma más general.
Invitado por Dohrn para completar una monografía sobre cefalópodos, aprovechó este proyecto como una oportunidad para poner en práctica sus propias teorías sistemáticas.
Su objetivo era construir la primera filogenia completa para cualquier grupo individual, un propósito que los cefalópodos cumplieron bien.
[3] Aunque Naef no profesaba un "interés especial" en los cefalópodos, su trabajo avanzó significativamente en el conocimiento científico del grupo y mantuvo una conexión con los estudios de cefalópodos a lo largo de su carrera.