[3]​ También se puede considerar como acelulares a los plásmidos que son comparables a los virus y agentes subvirales en comportamiento replicativo, transmisión entre huéspedes y por ser autónomos del genoma del huésped.

La principal razón que se ha usado para excluir a este grupo del árbol filogenético es la ausencia de ribosomas.

Además a todos les falta un ácido nucleico y no tienen registro fósil.

Se ha vuelto a proponer este término para evitar la polémica que causa considerar a los virus y los agentes subvirales como seres vivos, puesto que, aunque contienen material genético propio, todos son capaces de replicación, ninguno de ellos contiene células, es decir, son acelulares (de ahí el término Acytota).

Todos los conformantes de este gran imperio, no conocido en toda su variedad, pueden surgir dentro de un huésped en cualquier momento, por lo que son considerados como entidades virales o subvirales.

Además, su tamaño los coloca como los seres ultramicroscópicos, justo a continuación de las proteínas.

Se ha propuesto las siguientes diez razones para excluir a los virus del árbol filogenético de la vida:[4]​ 2.

Si bien la vida celular tiene un origen único y común, los virus son polifiléticos: tienen muchos orígenes evolutivos.

No se ha identificado un solo gen que sea compartido por todos los virus.

Esto implica que los virus no pueden ser ancestros de las células.

Por esto se ha sugerido que los virus han influido en la evolución de las células al donar nuevos genes.

Sin embargo, los análisis moleculares no han podido confirmar esta hipótesis.

Una visión de la evolución es que es un proceso por el cual los organismos simples se vuelven más complejos.

Además, junto con los elementos genéticos móviles como plásmidos y transposones, pueden acabar formando parte del genoma de sus huéspedes, lo que contribuye a la creación de variabilidad genética; pueden contribuir a la transferencia horizontal de genes y por supuesto, a regular la población y la biodiversidad.

Los acelulares también pueden intercambiar genes con sus huéspedes lo que impide reconstruir su historia evolutiva.

En cuanto a su origen y filogenia los acelulares son parafiléticos porque su origen es antiguo al de los organismos celulares y son polifiléticos debido a los repetidos orígenes que han tenido sus miembros dentro las células.

[18]​ La mayor parte de la diversidad acelular se ha descrito exclusivamente en los eucariotas, sin embargo falta por describir más acelulares en los procariotas.

Por otra parte la clasificación de Baltimore ordena a los virus en los siguientes grupos.

Esta clasificación también incluye virus satélite y virusoides, pero excluye a los viroides porque sus características replicativas no se adjuntan a la clasificación:[19]​[20]​ Acytota es un grupo parafilético relacionado con el origen de la vida.

La Tierra también comenzó a ser presa del bombardeo intenso tardío de grandes meteoritos hasta hace 3200 Ma.

La técnica actual para rastrear el tiempo geológico de los virus es tratar de encontrar ADN o ARN viral integrado en los genomas celulares, estas secuencias son llamadas elementos virales endógenos.

Los virus y agentes subvirales pudieron mediar las transiciones del mundo de ARN según algunos autores.

Según este punto de vista los primeros virus fueron icosaédricos y las otras formas geométricas habrían derivado posteriormente.

[47]​[40]​ Los virus de ARN tienen una gran importancia evolutiva ya que se ha sugerido que junto con los virusoides (Ribozyviria) y viroides son reliquias del antiguo mundo de ARN, puesto que su replicación se basa únicamente en el ARN (sin pasar por un extremo o secuencia de ADN, una característica ausente en las células).

Se ha sugerido que los virus de ARN precedieron a los intrones y retrotransposones en el mundo precelular mediante un ancestro compartido con el filo Lenarviricota.

Estos virus tuvieron una gran diversificación que representan una parte importante del viroma eucariota.

Incluye al agente causante de la Hepatitis D. El dominio Viroidia incluye a los viroides que son agentes infecciosos compuestos por una molécula de ARN sin cápside o polimerasas que no codifican proteínas y no transcriben ADN.

Se replican mediante un mecanismo de círculo ARN-ARN mediado por enzimas del huésped o ribozimas propias.

Casi todos sus miembros tienen genomas de ADN circular similares a los plásmidos.

Incluso se ha sugerido que estos virus pudieron originar los plásmidos de arqueas.