La acuicultura multitrófica integrada (AMTI) es una práctica en la que los desechos de una especie son reciclados para convertirse en aportes (fertilizantes, alimentos) para otra.
En este caso, todos los organismos podrían compartir los mismos procesos químicos y biológicos, con pocos beneficios sinérgicos, los que podrían potencialmente llevar a cambios significativos del ecosistema.
Idealmente, los procesos biológicos y químicos en un sistema de AMTI deberían balancearse.
[2] Un sistema de AMTI funcionando debería resultar en una producción mayor para todo el sistema, basado en los beneficios mutuos de las especies cocultivadas y una salud mejorada del ecosistema.
Aunque la AMTI probablemente ocurre debido al cultivo tradicional de distintas especies en algunas áreas costeras, el diseño de lugares donde se realiza AMTI es, actualmente, menos común.