Fue en gran medida una continuación de la primera guerra civil sudanesa (1955-1972).
Aunque se originó en el sur del país, la guerra se extendió a los montes Nuba y al Nilo Azul.
Al finalizar este periodo se convocaría una consulta entre los habitantes del sur sobre una posible secesión.
Si la consulta tuviera resultado negativo, ambos bandos militares formarían un único ejército.
[3] El acuerdo tuvo el respaldo de Estados Unidos y la Unión Europea.