Las guerras en Sudán suelen caracterizarse como luchas entre el gobierno central que se expande y domina a los pueblos de la periferia, lo que da lugar a acusaciones de marginación.

Entre el norte y el sur hay importantes yacimientos petrolíferos y, por tanto, importantes intereses extranjeros[29]​ (los ingresos del petróleo se privatizan en beneficio de intereses occidentales, como en Nigeria).

La mayor parte del conflicto ha sido entre los nuer y los dinka, pero también han participado otros grupos étnicos.

Parte de este acuerdo dio autonomía religiosa y cultural al sur.

[31]​ Las primeras violaciones se produjeron cuando el presidente Gaafar Nimeiry intentó tomar el control de los yacimientos petrolíferos que se extienden a ambos lados de la frontera norte-sur.

[34]​ El Ejército de Liberación del Pueblo de Sudán (SPLA) fue fundado en 1983 como un grupo rebelde para restablecer un Sudán meridional autónomo luchando contra el gobierno central.

Aunque tenía su base en el Sudán meridional, se identificaba como un movimiento de todos los ciudadanos sudaneses oprimidos y estaba dirigido por John Garang.

Inicialmente, el SPLA hizo campaña por un Sudán unido, criticando al gobierno central por políticas que conducían a la "desintegración" nacional.

En consulta con una conferencia informal de partidos políticos, sindicatos y organizaciones profesionales, conocida como la "Reunión", el consejo militar nombró un gabinete civil interino, encabezado por el primer ministro Dr. Al-Jazuli Daf'allah.

Esta coalición se disolvió y se reformó varias veces durante los años siguientes, con el primer ministro Sadiq al-Mahdi y su Partido Umma siempre en un papel central.

[37]​ Tanto las fuerzas armadas regulares del gobierno como las Fuerzas de Defensa Popular (FDP) fueron utilizadas para atacar y asaltar aldeas en el sur y en las montes Nuba.

Estas milicias fueron reclutadas localmente y con vínculos encubiertos con el gobierno nacional.

[42]​ Las Fuerzas Armadas Sudanesas se hicieron famosas por reprimir brutalmente a todos los disidentes civiles.

Cientos, quizás incluso miles de personas fueron asesinadas sólo en la infame "Casa Blanca" -el cuartel Giada en Juba-.

[43]​  Al mismo tiempo, el SPLA aplastó sin piedad toda oposición interna y externa en la medida de lo posible, incluidas otras facciones rebeldes como los insurgentes de Anyanya II[44]​  y críticos en sus propias filas.

Durante 1990 y 1991, el gobierno sudanés apoyó a Saddam Hussein en la guerra del Golfo.

La participación militar de Eritrea y Etiopía se debilitó cuando los dos países entraron en un conflicto fronterizo en 1998.

El apoyo de Uganda se debilitó cuando desvió su atención al conflicto en la República Democrática del Congo.

Además, el gobierno firmó los acuerdos de los montes Nuba y Fashoda con facciones rebeldes.

Estos incluyeron los acuerdos de Jartum que pusieron fin al conflicto militar entre el gobierno y facciones rebeldes importantes.

Los críticos del Sur se opusieron a la iniciativa conjunta porque no abordaba las cuestiones de la relación entre la religión y el Estado y no mencionaba el derecho a la libre determinación.

[51]​ Las conversaciones de paz entre los rebeldes del sur y el gobierno lograron avances sustanciales en 2003 y principios de 2004, aunque continuaron los enfrentamientos en algunas partes del sur.

En 2004 algunas ONG estimaban que SPLAM incluía a unos 2500-5000 menores de edad en sus filas; el grupo armado afirmó que entre 2001 y ese año habían desmovilizado y devuelto a sus hogares a 16 000 menores, sin embargo, en los procesos de paz observadores internacionales señalaron que muchos habían terminado por volver al grupo rebelde.