Acoplamiento molecular
Por tanto, la orientación relativa del dúo interactuante puede afectar el tipo de señal producida (ejemplo, agonismos contra antagonismo).
Por lo que el acoplamiento molecular gana importancia al predecir la fuerza y el tipo de señal producida.
Y es por eso que este método tiene un rol muy importante en el diseño racional de fármacos.
Sin embargo, tanto el ligando como la proteína son flexibles, tal vez "mano-en-guante" es una analogía que explica esa característica.
El objetivo es alcanzar una conformación óptima tanto para la proteína, como para su ligando, haciendo que la orientación entre estos minimice la energía libre.
Uno usa la técnica de parejas que describe la proteína y el ligando como superficies complementarias.
[8][9][10] Al mismo tiempo que los enfoques que se basan en la complementariedad de forma son normalmente rápidas y robustas, no pueden modelar los movimientos dinámicos y cambios conformacionales en el complejo proteína-ligando de manera precisa, aunque desarrollo reciente les ha permitido a estos métodos investigar la flexibilidad del ligando.
También son mucho más flexible a los enfoques farmacóforos, ya que usando las descripciones geométricas de los ligandos para encontrar el enlace óptimo.
Los movimientos incorporan al cuerpo rígido transformaciones tales como el traslado y rotaciones.
Sin embargo, en técnicas basadas en rejillas tanto como en métodos de optimización rápida han mejorado mucho estos problemas.
