Establecido en 1944 por el gobierno nacionalista, continúa supervisando la gestión del sitio, así como los proyectos de preservación e investigación.
El instituto realiza visitas guiadas a cuevas seleccionadas durante todo el año,[2] y colabora con otras organizaciones para aumentar el acceso digital, sobre todo a través del Proyecto Internacional Dunhuang.
A principios del siglo XX, el sacerdote taoísta Wang Yuanlu se nombró a sí mismo cuidador de las Cuevas de Mogao, que en ese momento eran templos antiguos.
Durante los siguientes cuarenta años, el sitio sufrió grandes daños debido a la posterior retirada de elementos, así como a las actividades militares rusas (1921) y Kuomintang (1939).
En 1979 las Cuevas de Mogao se abrieron al público y recibieron 27.000 visitantes ese año.